噬菌体抗体库技术是一项新的基因工程抗体制备技术，在人源性抗体的克隆，抗体性能的改造，以及抗体基因的研究等方面都具有重要的理论及实用价值。噬菌体抗体库技术能够迅速发展，重要的一点是在于它具有高效的筛选能力。能否从抗体库中得到预期抗体受到很多因素的制约，包括抗体库库容、多样性、保存条件、扩增情况以及筛选过程等。筛选策略需要根据抗原的性质而定，一般来说，获得纯的抗原对噬菌体抗体库的筛选大有裨益，会使筛选容易得多。然而，有的时候难以获得纯的抗原或根本无法获得，这就需要设计切实可行的筛选方法。
经典抗体库筛选方法
经典的抗体库筛选方法是利用固相或液相化抗原筛选。一般来说，纯化后的可溶性蛋白纯度高，量足，可以直接包被ELISA板，是筛选特异性抗体的最佳选择。有些情况下，需要获得针对某一特殊蛋白的单克隆抗体，也可以用抗这种蛋白的其他单克隆抗体捕捉抗原的方法进行筛选。
固相化抗原筛选法
顾名思义，固相化抗原筛选就是固定抗原去筛选游离的抗体。该法有两种筛选方式：ELISA微孔板筛选和免疫试管筛选。目前ELISA微孔板筛选已经成为一项常用的技术，而后改进的免疫试管法可显著增加包被抗原的面积和抗原抗体接触的机会。且抗原管筛选效果较好又易于操作，3-4轮的富集后获得的特异性抗体比例较高，在筛选过程中噬菌体抗体回收率的逐渐升高是特异性抗体富集的表现，可作为判断筛选效果的指标。
液相化抗原筛选法
固相筛选消耗抗原较多，且有的抗原在固相化后会破坏抗原表位；不太容易根据抗体库和抗原的性质进行量化处理，因而在对抗体亲和力的选择时效果欠佳。将抗原生物素标记后在液相中利用链霉亲和素包裹的磁珠进行筛选是一种新手段，其优点是：① 筛选效率高，增加了噬菌体颗粒与抗原接触的机率，能够把拷贝数较少或亲和力较低的抗体从库中有效的分离出来；②可解决抗原固相化后表位破坏的问题；③可根据抗体库的库容、抗原相对分子质量及纯度等对筛选体系进行灵活调整；④可在一定程度上预先确定所期望抗体的亲和力。
液相筛选法效率很高，筛选过程中具有抗原结合活性的噬菌体抗体富集明显，但在获得的克隆中特异性好的比例较低，而大多数抗体非特异性的与多种抗原结合。有些情况下对抗体库的筛选期望是从中获得很高亲和力的抗体而避开低亲和力抗体，解离速率筛选很好的解决了这一问题。在生物素化抗原与不同亲和力的噬菌体抗体特异性结合后，向筛选体系中加入超量的未标记抗原，由于抗体与抗原的结合是一种动态的过程，亲和力较低的噬菌体抗体首先从已结合的生物素化抗原上解离，并被大量游离的未标记的抗原捕获，而仍然保持与生物素化抗原的结合而被链亲和素磁珠吸附出来的就是亲和力较高的抗体。
固相与液相化抗原筛选法的选择
当抗体库库容较大，预期目的抗体的拷贝数较多或亲和力较高且抗原来源丰富时，固相化抗原筛选法可靠易行，有利于得到高亲和力、高特异性的抗体。在目的抗体预期较难获得或固相化抗原筛选未成功时，可使用生物素化抗原液相筛选法，才有可能得到满意的效果。当筛选的目的是选择高亲和力抗体时，液相筛选法的优势明显，特别是解离速率筛选更高效、快捷和重复性好，是一种较为理想的手段。
其他抗体库筛选方法
细胞筛选法
当有些抗原难以得到或对其性质一无所知时，细胞筛选法可作为一种备选方案。细胞筛选的最大问题是如何去除背景，因为细胞表面的抗原位点很多，因此，需要去除非特异性结合的噬菌体而富集到目的抗体较为困难。去除背景最常用的方法是将抗体库与不表达特异性抗原的细胞（空白细胞）预吸附，去除非目的抗体（阴性选择），再用经吸附的噬菌体与靶细胞结合，得到与靶细胞结合的抗体（阳性选择），经过数轮的“阴性选择-阳性选择-扩增”，针对靶分子的抗体富集。细胞筛选法的缺点是在阴性选择过程中，只有小部分非特异噬菌体被去除，又因为反复选择，一些拷贝数较少的阳性克隆丢失。这也能解释了为什么用细胞筛选所得到的阳性克隆在数量上和多样性都不及抗原筛选。由于细胞筛选比较难于富集目的克隆，所以需要增加富集筛选的轮数。
组织筛选法
针对动物组织表达的蛋白很难用简单的办法纯化获得，在纯化过程中很容易导致该蛋白丢失失去天然构象。利用组织筛选在理论上能更有效的筛选获得有应用价值的抗体。此方法需要制备组织切片。
体内筛选法
近年来，通过把抗体库注入裸鼠体内进行噬菌体的体内筛选已获成功。与体外筛选相比，这种组织和细胞是自然的三维微环境中，其筛选结果更为真实。体内筛选效率低，筛选难度大，对库的要求也更高，通常库的多样性要求达到108-109，同时还要尽量减少空噬菌体的含量，在实际操作中也可采用未扩增的原始文库进行筛选。
蛋白质芯片筛选法
蛋白芯片同基因芯片原理类似，在载体上点布大量不同种类的蛋白质，是一种高通量的蛋白功能分析技术。蛋白质芯片法能同时检测大量抗体抗原反应，并通过扫描仪对荧光强度的读取，由计算机对待测样本进行分析与计算。蛋白芯片不仅具有高通量的优点，还具有高敏性和低假阳性的特点。但是，在生物体内，大多数的抗体是识别抗原的非连续性表位的，正确识别并筛选出这些抗体，就需要蛋白质芯片上的蛋白质是全长、正确折叠且具有生物功能的。这一点对蛋白质芯片提出了挑战。
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